Albrecht z Valdštejna tedy zpočátku roku 1623 panství prodal pobělohorskému zbohatlíkovi Pavlovi Michnovi z Vacínova. To byla poměrně zajímavá postava těchto zlomových časů českého národa. Pavel Michna z Vacínova byl vychován jezuity a stal se úředníkem, dokonce jedním z nejvyšších v českém království. Pracoval totiž v kanceláři místodržících na Pražském hradě jako sekretář. Ottův slovník naučný o něm píše, že „byl ve věcech náboženských náruživým a neústupným“. Na tom by snad nebylo až tak nic zlého, Michna však využíval dobových změn naprosto bez skrupulí, záhy pochopil, odkud mu kyne větší díl moci a bohatství. Jak uvádí historik August Sedláček „…tento jest pravý příklad lidí takových, kteří z tehdejší bídy bezohledně kořistili. Potomek budyňského řezníka stal se v létech 1622-1623 milionářem…“. Jeho vzestup z pozice měšťana a úředníka byl vskutku raketový.  Již dva roky po Bílé hoře (v roce 1622) se stal krajským radou a v roce 1627 říšským hrabětem.

Skupováním laciných zkonfiskovaných majetků získal velké jmění a na Benešovsku jej postupně rozšiřoval: 1622 – Tloskov, Maršovice a Lešany, 1623 – Konopiště a Týnec (ale také Hlubočepy a Jinonice u Prahy), později přidal také Vlašim a další statky na Žatecku. Konkrétní Michnovo působení na konopišťském panství není nijak doloženo, jeho nákupy byly spíše motivovány výhodnou cenou nemovitostí a snahou nashromáždit co největší majetek, aniž jeho majitel tyto své nabyté statky nějak zveleboval. Záhy po koupi Konopiště započal Michna na panství s násilným obracením na katolickou víru. V té době zde působili jezuité, pozvaní z pražského Klementina. Michna byl také činný v habsburském vojsku a v jeho řadách v roce 1632 v Norimberku zemřel. Ještě před svou smrtí se Pavel Michna z Vacínova pustil do stavby výstavního barokního paláce na Malé Straně v Praze (dnes je to tzv. Tyršův dům). Společenský vzestup Michnů z Vacínova dokumentuje také vývoj jejich rodového erbu. Původně to byl modrý štít s polovinou zlatého zajíce, který odrážel vladycký stav, jehož Michnové (Martin Michna) dosáhli v roce 1598. Po porážce stavovského povstání byl v roce 1622 za své zásluhy o návrat habsburských panovníků na český trůn Pavel Michna povýšen do panského stavu (Reichsfreiherr). S tím byl také spojen nový erb, vylepšený ještě roku 1627 při udělení hraběcího titulu – Reichsgraf (erb na obrázku).

Období třicetileté války bylo pro oblast celého Benešovska plné bolesti a utrpení. K povstání, které vypuklo na Čáslavsku a Kouřimsku se přidali také vzbouřenci na konopišťském panství. Popelem lehlo podzámčí, Benešov i několik dalších sídel v okolí. Svou „polívčičku“ si mezi vůdci povstání přihřál Adam Hodějovský, člen rodu, kterém bylo Konopiště před krátkou dobou konfiskováno a jež sloužil v dánském vojsku, drancujícím ve středních Čechách. Přivolaní císařští vojáci nakonec povstání potlačili a Adam Hodějovský musel uprchnout do ciziny. Krajem procházely několikrát armády obou válčících stran a zanechávaly zde ničivé stopy. V březnu 1645 proběhla známá bitva u Jankova, po níž na Benešovsku opět plenili Švédové. V srpnu 1648 prakticky po prvním výstřelu dobyli téměř nechráněné Konopiště, vydrancovali rovněž Benešov a v kraji zůstali ještě téměř celý další rok. Také na Konopišti se Švédové „zdrželi“ až do září 1649, čekajíc na splacení válečných náhrad, dohodnutých při uzavírání vestfálského míru.

Z doby třicetileté války existují zajímavé záznamy o konopišťském pobytu „zimního krále“ Fridricha Falckého. Ten zde přenocoval 29. září 1620 na cestě z Prahy. Bylo to v době, kdy shromažďoval svá vojska k rozhodujícímu střetu s císařskou armádou, který ho čekal zhruba měsíc poté na Bílé Hoře. V důsledku útrap války skončilo michnovské období na Konopišti velkým úpadkem.  Ještě v roce 1654, tedy šest let po válce, je na panství udáváno 36% domů a usedlostí pustých. Michnové, kteří se po smrti Pavla Michny z Vacínova na Konopišti střídali, panství velmi zadlužili a byli nuceni statky rozprodávat. V roce 1669 se tak zbavili Tloskova, a protože peníze z tohoto prodeje nestačily, došlo i na samotné Konopiště.