Do 17. století vstoupilo Konopiště v držení Arkleba z Kunovic. V té době se poněkud rozrostlo podhradí – uvádí se, že přibyla pazderna a porážka dobytka. Arkleb se většinou zdržoval na Moravě a potýkal se s velikými finančními problémy; navíc hrad za doby jeho působení zasáhl požár, který zahladily jen nouzově provedené stavební úpravy. V roce 1602 se proto Arkleb rozhodl požádat zemský soud o komisionální prodej celého panství. Cenu 110 tisíc kop míšeňských grošů zaplatila paní Dorota Hodějovská a dne 18. října 1603 se tak stala novou paní konopišťského panství.
Hodějovští z Hodějova byli odnoží vladyků Čestických. Oba rody pocházely ze Strakonicka a Hodějovští se od Čestických lišili zlatým kaprem v erbu, namísto stříbrného. Jedna z rodových větví se v 16. století ocitla v Chotěticích u Sedlce-Prčice. Právě tento majetek zdědil Přech Hodějovský, manžel Doroty, rozené z Harasova. Paní Dorota byla velmi podnikavá dáma a své panství postupně zaokrouhlovala. Konopiště záhy navazovalo na Týnec nad Sázavou, Benice a další statky, a tak se v majetku rodiny Hodějovských na počátku 17. století nacházela značná část dnešního benešovského okresu. Ostatně název jedné z benešovských ulic – Hodějovského – rezonuje jméno této šlechtické rodiny dodnes.
Erb Přecha a jeho manželky Doroty je umístěn nad západní branou konopišťského zámku . Je to ona brána (na fotografii), kterou se vstupuje na dolní zámecké nádvoří.
Tato mohutná brána vznikla právě za Hodějovských tím, že byla prolomena hradební zeď mezi dvěma věžemi a nahradila úzký gotický vstup do předhradí. Energická paní Dorota se rovněž pustila do stavebních úprav na Konopišti, chtěla mohutnou gotickou pevnost změnit na pohodlnější sídlo, které by odpovídalo pozici rodiny. Tou dobou tedy na Konopiště přichází renesance. Na vzhledu zámku se to patrně projevilo zvětšením velikosti oken i jejich větším počtem. Paní Dorota také nechala přistavět novou budovu stájí na západní straně (dnes je zde střelnice) a také hospodářské křídlo na straně protější (zřejmě v místech, kde se dnes nachází pokladna a její zázemí). Tak byl zaplněn půdorys hradu do jeho dnešní podoby – obdélník rozdělený na dvě nádvoří. Na hezkém historickém pohledu do nádvoří si můžeme povšimnout renesančních stavebních prvků. Zmíněné úpravy proběhly v roce 1605 – tento letopočet lze nalézt na kamenných obrubách portálu pod schody k dnešní knihovně.
Tradiční rodinnou vírou Hodějovských bylo katolictví, Přech Hodějovský však přestoupil k Jednotě bratrské a stal se jejím horlivým zastáncem. Velmi se též angažoval při jednáních o Rudolfův majestát, který nekatolickým vyznáním zajišťoval větší svobody. Pro bližší pochopení jednání Hodějovských je zajímavé vcítit se do jejich uvažování. Na počátku 17. století měli na vybranou dvě možnosti – tradiční, přísně katolickou cestu, držící se linie vládnoucího habsburského rodu nebo – řeklo by se – moderně vyhlížející cestu reformovaného vyznání. Na trůnu v té době seděl poměrně tolerantní, byť stárnoucí a nemocný, císař Rudolf II. a zdálo se, že nekatolické vyznání má otevřenou cestu k větším svobodám. Proto se přiklonění Hodějovských k Jednotě bratrské jevilo jako správné rozhodnutí. Bohužel pro rodinu však doba nabrala zásadního historického obratu…
Přech zemřel v roce 1610, takže se smutných konců nedočkal, záhy po něm zemřela (roku 1613) také manželka Dorota (pohřbena byla v benešovském kostele). Majetek přešel na syny – Přecha (ten ale v necelých 21 letech roku 1617 zemřel) a Bernarda. Ten však v pobělohorských konfiskacích o celé panství přišel…
Odveta bělohorských vítězů na sebe totiž nenechala dlouho čekat a Hodějovští byli v roce 1622 zbaveni velké části svého majetku. Ve své knize Dějiny konfiskací v Čechách po r. 1618, vydané v roce 1883, o tom píše středoškolský profesor a historik Tomáš Bílek. Majetkové a další tresty postihly celou rodinu Hodějovských, Konopiště se týkalo Bernarda mladšího. Ten byl aktivní ve stavovském vojsku a volil také Fridricha Falckého za českého krále. Byl proto odsouzen ke ztrátě dvou třetin jmění – Konopiště, velké části Benešova, nemovitostí na Strakonicku i v Praze. Nutno podotknout, že někteří z Hodějovských dopadli ještě hůře, například Smil Hodějovský – přišel o statky a dle rozsudku měl také přijít o hrdlo. Exekuci se vyhnul jen rychlým útěkem ze země…
Konopiště tedy připadlo královské komoře a v prosinci 1622 jej lacino zakoupil vojevůdce a vévoda Albrecht z Valdštejna. V jeho rukách se však zámek ani „neohřál“…